Arrêt maladie en intérim : indemnisation, démarches et sort de la mission

Un arrêt maladie en intérim n’efface pas la mission en cours, mais il change la façon dont l’intérimaire est payé pendant les jours d’absence. Beaucoup hésitent à consulter un médecin par crainte de perdre leur contrat ou de se retrouver sans revenu, alors que les règles de prise en charge existent et sont précises. Elles diffèrent pourtant de celles d’un salarié en CDI classique sur plusieurs points : conditions d’ouverture des droits, montant réel des indemnités journalières, sort du contrat de mission suspendu. Ce guide détaille, chiffres à l’appui, ce qui protège concrètement un intérimaire arrêté, de la déclaration à l’agence jusqu’au versement de la prévoyance complémentaire.

Un arrêt maladie en intérim est-il possible ?

La réponse tient en une phrase : oui, un intérimaire peut être arrêté pour maladie exactement comme n’importe quel salarié. Le contrat de mission ne suspend aucun droit à la prescription d’un arrêt de travail, et aucune autorisation préalable de l’agence d’emploi n’est nécessaire pour consulter un médecin.

En revanche, l’intérim obéit à des règles qui lui sont propres sur d’autres points, comme le délai de carence entre deux missions, à ne pas confondre avec le délai de carence des indemnités journalières évoqué plus loin. Deux logiques coexistent, sans lien entre elles : celle du contrat de travail temporaire d’un côté, celle de la Sécurité sociale de l’autre, indifférente au statut du salarié qu’elle indemnise.

Concrètement, l’intérimaire adresse son avis d’arrêt de travail à la Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) dans les mêmes délais que tout salarié, en général 48 heures. Il doit aussi prévenir son agence d’emploi rapidement : c’est elle qui reste son employeur juridique pendant la mission, et non l’entreprise utilisatrice où il travaille au quotidien.

Le contenu médical de l’arrêt reste confidentiel : seuls le médecin traitant et la CPAM sont destinataires du diagnostic. L’agence d’emploi ne reçoit que l’information de l’arrêt et sa durée, jamais le motif. Aucune clause du contrat de mission ne peut imposer à l’intérimaire de justifier ce motif auprès de l’entreprise utilisatrice, qui n’a d’ailleurs pas à en être informée et ne doit pas chercher à l’obtenir par un autre biais.

Les conditions pour toucher les indemnités journalières

Deux voies distinctes ouvrent droit aux indemnités journalières, et la plupart des fiches disponibles n’en citent qu’une. La première, valable pour tout salarié, exige d’avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois derniers mois civils, ou 90 jours précédant l’arrêt. Un intérimaire qui enchaîne des missions régulières chez un même employeur la remplit sans difficulté particulière.

Le régime du travail discontinu, plus adapté à l’intérimaire

Une seconde voie existe pour les parcours plus fragmentés, ce qui décrit une bonne partie des situations en intérim. Elle consiste à justifier de 600 heures de travail sur les douze derniers mois, ou 365 jours précédant l’arrêt, ou d’un salaire au moins égal à 2 030 fois le Smic horaire sur cette période. Ce régime, largement passé sous silence par les fiches génériques, correspond à l’enchaînement réel de missions courtes chez plusieurs entreprises utilisatrices.

Cette seconde condition profite à un profil qui multiplie les contrats courts sans jamais dépasser trois mois chez la même entreprise utilisatrice. Un intérimaire polyvalent peut ouvrir ses droits alors même qu’il ne remplirait la condition des 150 heures chez aucun employeur pris isolément, à condition que le cumul de ses heures ou de son salaire sur l’année franchisse le second seuil.

La période de référence retenue n’est pas non plus figée : elle court sur les douze derniers mois glissants, et non sur une année civile. Un intérimaire qui a connu une longue interruption d’activité en début de période peut donc voir ses droits se reconstituer progressivement, mois après mois, à mesure que les heures les plus anciennes sortent du calcul.

Multiplier les contrats avec la même entreprise de travail temporaire (ETT) pour sécuriser ce seuil est une pratique courante et parfaitement légale. Elle peut, dans certains cas, se rapprocher des situations examinées lors d’une requalification du contrat d’intérim en CDI, lorsque la succession de missions comble en réalité un poste permanent au sein de la même entreprise.

Combien touche un intérimaire en arrêt maladie ?

Ce calcul ne change pas en intérim : la moitié du salaire journalier de base, lui-même établi à partir des trois derniers salaires bruts perçus avant l’arrêt. Un intérimaire dont les missions se sont enchaînées à un rythme irrégulier voit ce calcul lissé sur cette période de référence, ce qui peut avantager ou pénaliser selon le volume d’heures travaillées juste avant l’arrêt.

Un exemple courant l’illustre bien : pour un salaire brut de 2 000 euros par mois sur les trois derniers mois, le salaire journalier de base ressort à un peu plus de 65 euros, et l’indemnité journalière correspondante à environ la moitié de cette somme. La formule reste identique pour un intérimaire, seule change la façon dont sont reconstitués ces trois derniers salaires lorsque les missions se sont succédé chez plusieurs entreprises.

Le montant n’est pas illimité. Le salaire pris en compte pour ce calcul est plafonné à 1,4 fois le Smic, et l’indemnité journalière elle-même ne peut pas dépasser un montant fixe, quelle que soit la rémunération réelle de l’intérimaire. Le tableau ci-dessous résume les seuils applicables.

Le délai de carence de trois jours s’applique à chaque nouvel arrêt, y compris s’il intervient quelques semaines après un précédent épisode : il n’existe pas de neutralisation automatique entre deux arrêts distincts, sauf en cas d’affection de longue durée (ALD), qui ouvre un régime d’indemnisation prolongé jusqu’à trois ans.

Ces indemnités journalières sont, par ailleurs, soumises à l’impôt sur le revenu et pré-remplies à ce titre dans la déclaration annuelle, à la différence des indemnités liées à un accident du travail, qui bénéficient d’un régime fiscal partiellement plus favorable.

Ce que devient le contrat de mission pendant l’arrêt

L’arrêt de travail suspend le contrat de mission : la relation contractuelle continue d’exister, mais l’exécution du travail s’interrompt. Ce que beaucoup de fiches laissent entendre à tort, c’est que la mission reprendrait son cours normalement à la guérison.

En réalité, le contrat suspendu n’a pas son terme repoussé : si la mission devait s’achever à une date donnée, elle s’achève à cette date, arrêt ou non. Un intérimaire guéri avant l’échéance reprend son poste jusqu’au terme prévu ; un intérimaire encore arrêté à cette date voit simplement sa mission s’éteindre normalement, l’indemnisation par la CPAM se poursuivant indépendamment du sort du contrat.

À l’échéance, l’intérimaire bascule hors mission, avec les conséquences habituelles de fin de contrat, dont l’indemnité de fin de mission lorsque les conditions sont réunies. L’arrêt maladie en cours ne prive pas de ce droit, sauf motif d’exclusion propre à l’indemnité elle-même.

Sur le complément de salaire versé par l’employeur en plus des indemnités journalières, un salarié permanent ayant un à trois ans d’ancienneté touche généralement un maintien à 90 % de son salaire pendant trente jours, puis 66,66 % les trente jours suivants. Ce barème exclut explicitement, texte à l’appui, les salariés saisonniers, intermittents et temporaires : l’intérimaire n’y a pas accès, quelle que soit son ancienneté cumulée.

Cela ne signifie pas une absence totale de complément, mais un mécanisme différent, propre à la branche du travail temporaire et détaillé ci-dessous. Rien n’empêche non plus l’agence de proposer une nouvelle mission dès la fin de l’arrêt, y compris avant l’échéance de la précédente si le poste diffère.

L’intérimaire reste libre d’accepter ou de refuser une telle proposition, sans que ce refus ne soit assimilé à un abandon de poste. Dans les faits, les entreprises de travail temporaire du secteur privilégient largement le maintien du contact avec l’intérimaire pendant son arrêt plutôt qu’une rupture de la relation.

Le complément de la prévoyance intérimaire

Ce mécanisme propre à la branche, c’est la prévoyance pilotée par le Fonds d’Action Sociale du Travail Temporaire (FASTT). Il complète l’indemnisation de la Sécurité sociale une fois que la CPAM a versé ses propres indemnités, sous réserve d’avoir réalisé au moins 414 heures de mission au cours des douze derniers mois, toutes agences confondues.

Les risques professionnels, à la différence de la maladie, sont couverts dès la première heure de mission en intérim, sans aucune condition d’ancienneté. C’est une distinction que peu d’intérimaires connaissent : un accident survenu dès le premier jour ouvre des droits que la seule maladie n’ouvrirait pas avant d’avoir franchi le seuil des 414 heures.

Cette différence de traitement explique pourquoi deux intérimaires arrêtés le même mois, l’un pour un accident, l’autre pour une maladie ordinaire, peuvent percevoir des compléments très différents alors que leurs indemnités de la Sécurité sociale sont, elles, calculées de façon identique.

Un délai de carence de trois jours s’applique aussi à ce régime complémentaire, l’indemnisation démarrant donc au quatrième jour d’arrêt. Les indemnités complémentaires sont désormais versées directement par Intérimaires Prévoyance, sans passer par l’agence d’emploi comme intermédiaire de paiement, pour les arrêts prescrits depuis le début de l’année ; cette généralisation s’étend depuis à l’ensemble des arrêts, y compris ceux prescrits antérieurement.

Les démarches à effectuer auprès de l’agence

Aucune démarche supplémentaire n’incombe à l’intérimaire lui-même : l’entreprise de travail temporaire se charge de déclarer l’arrêt au régime de prévoyance, sur la base des informations transmises par la Sécurité sociale.

Un arrêt qui se prolonge au-delà de la fin de la mission, et dont la durée dépasse dix jours, ouvre droit au relais des indemnités complémentaires par le régime de prévoyance à partir de la fin du contrat, à condition d’être inscrit auprès de France Travail. L’intérimaire n’a alors qu’une seule démarche à effectuer : transmettre ses décomptes de la Sécurité sociale, le régime de prévoyance se chargeant du reste.

Sources

• Service-public.fr — indemnités journalières versées au salarié en arrêt maladie, 2026
• Code du travail (code.travail.gouv.fr) — le maintien de salaire par l’employeur en cas d’arrêt maladie, 2024